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01月
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- 教育部發布〈大學學術追求卓越發展計畫〉。
- 教育部修正發布〈職業學校學生成績考查辦法〉。
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02月
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- 教育部發布〈財團法人私立學校興學基金組織及運作辦法〉。
- 教育部通過〈私立社會教育機構符合承租經濟部所屬國營事業土地及設定地上權審核處理要點〉。
- 臺灣省立高中、高職、特殊學校自二月一日改名為國立高中、高職、特殊學校。
- 教育部發布〈高中高職社區化實施方案〉。
- 教育部於88年提出「地區性國立大學校院整併試辦計畫」，國立嘉義師範學院及嘉義技術學院於二月一日正式合併為「國立嘉義大學」。
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03月
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- 教育部發布〈國民中小學九年一貫課程（第一學習階段）暫行綱要〉。
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04月
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- 總統令公布中華民國憲法增修條文第10條。
- 行政院核定〈災後重建生活重建計畫－學校教學及學生輔導計畫〉。
- 教育部修正發布〈臺灣地區原住民族籍學生升學優待辦法〉。
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05月
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- 教育部發布〈少年矯正學生學籍管理辦法〉。
- 曾志朗就任教育部長。
- 教育部發布《技職教育白皮書：追求卓越的技職教育─建設人文科技島，提升國家競爭力》。
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06月
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- 教育部實施〈適應體育教學中程發展計畫〉，預定五年內在各級學校加強適應體育教學，讓身心障礙學生和普通學生一起上體育課。
- 教育部發布〈高級中等學校教育實驗辦法〉。
- 教育部發布〈國民小學及國民中學教科圖書審定辦法〉。
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- 歐盟成立〈歐洲高等教育品質保證網絡〉（ European Network for Quality Assurance in Higher Education， ENQA ） 。
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07月
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- 行政院核定分配教育部替代役教育服務役，擔任山地、離島、偏遠地區國民中小學教育輔助勤務。
- 教育部發布〈實驗高級中學申請設立辦法〉。
- 總統令修正公布〈教師法〉。
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08月
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- 九十學年度起實施中小學師資合流培育，開放師範學院同時培育中學、小學與幼稚園師資，充實師院師資培育課程。
- 教育部發布〈高級中學法施行細則〉，同時廢止原發布〈高級中學規程〉。
- 教育部修正發布〈高級中學多元入學方案〉。
- 教育部設立「教育部推動生命教育委員會」，延續前省教育廳於86年推動的中等學校生命教育計畫，持續推動生命教育，並宣布民國90年為「生命教育年」。
- 教育部發布〈高級中等以下學校聘僱外國教師許可及管理辦法〉。
- 教育部發布〈國民中小學九年一貫課程各學習領域教科書審查規範及編輯指引〉。
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09月
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- 教育部發布〈發放幼兒教育券實施方案〉，實施對象為全國各縣市，年滿五足歲、 未滿六足歲實際就讀（托）於已立案之私立幼稚園、托兒所或其他合法之托育機構者。每人每一學年度補助一萬元，分兩學期發放。
- 教育部修正發布〈師資培育機構辦理學士後師資培育課程實施要點〉。
- 教育部發布〈國民中小學九年一貫課程暫行綱要〉，新課程將自九十學年度國小一年級開始實施。
- 教育部自89年9月至92年8月辦理「全國兒童閱讀運動實施計畫」，推動兒童閱讀運動。
- 教育部發布〈完全中學設立辦法〉。
- 在大陸廣東成立第一所由臺灣人士擔任校長，臺灣教師執教，使用臺灣教材，與我國教育體制接軌的東莞臺商子弟學校。
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10月
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- 教育部核定修正〈高級職業學校多元入學方案〉及相關辦法。
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12月
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- 教育部修正發布〈中小學兼任代課及代理教師聘任辦法〉，中小學聘任代課或代理教師應就具合格教師證書或資格者優先聘任。
- 教育部發布國中小九年一貫新課程各年級實施期程，將分四階段實施，九十學年度國小一年級開始，九十一學年度國小一、二、四、國一，九十二學年度國小一、二、三、四、五及國一、二，至九十三學年全面實施新課程；每週上課總節數，國小為廿二節至卅三節，國中為卅二節至卅五節。
- 教育部修正發布〈完成國民教育身心障礙學生升學輔導辦法〉。
- 教育部通過〈臺灣地區原住民族籍學生升學優待辦法〉修正草案，原住民學生參加高中以上各級學校升學考試，登記入學者可獲降低錄取標準百分之廿五優待；甄試或申請入學者，由各校酌予考量優待，以招生核定總名額外加百分之一為原則，保障原住民學生入學；九十四學年度開始，應先取得原住民語言能力證明才可享優待。
- 總統令公布〈兵役法施行法〉。
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